지난 2002년 2월부터 매일신문 청송지역 담당 기자가 고추작업장에 위장취업을 하는 등 취재를 시작했다. 9월 11일 진보농협 김모 감사를 통해 자체감사를 제의, 고추군납비리 사건을 9월 24일 ‘청송 진보농협 25억 날릴 판’이라는 제목으로 최초 보도한 이후 한달 여간의 끈질긴 취재를 통해 전국적으로 이슈화했다.
농협중앙회 및 대구 경북 지역본부는 9월 27일 특별감사반을 구성, 진보농협에 대한 특별감사를 실시했다. 농협 특별감사반측은 집안 식구를 감싸주기 위해 단순 공금횡령사건으로 축소, 몇몇 직원들을 고발조치하는 선에서 사건을 마무리지으려 했다.
매일신문 특별취재반은 군납 납품업자의 창고를 기습, 해골초 27만근과 중국산 수입고추 16만근을 섞어서 군납용 고춧가루를 가공한다는 제보도 확인한 상태였다. 이어 불량 고춧가루 군납과 뇌물 고리를 취재 중이던 본지는 사안의 중대성을 직감하고 지난해 9월 28일 청송을 비롯한 인근 영양 안동 영주 의성지역 등 7명의 지역담당기자들을 중심으로 특별취재반을 구성, 분야별 취재에 들어갔다.
그때부터 각계에서 온갖 회유와 협박이 시작됐다. 그러나 특별취재반은 취재 초기 농협중앙회 특별감사반의 자료를 이미 확보하고 있었고 사실 보도에 호응한 일부 농협 임직원과 고추상인들의 제보로 ‘불량고추 뇌물 주고 군납’ ‘농협 비리은폐 의혹’ 등을 특종보도하자 경찰과 군수사기관이 수사에 착수했다. 또 이 사건이 세간에 알려지면서 수십년간 이어진 군납 뇌물 커넥션에 급제동이 걸렸다.
